امیر بابایی جوابیه ای تند و تیز نسبت به مقاله "خاکستری های عرصه سیاست" منتشر کرد در اظهار نظری جالب و قابل تامل فضای سیاسی دانشگاه ها در زمان دولت اصلاحات را بسته خواند .
وی در بندی از جوابیه خود می آورد :بنده سعادت آشنایی با برادر بزرگوار و بزرگ ام جناب آقای ابراهیم فتاحی را از سال ۷۶ دارم، زمانی که ایشان در استانداری خدمت می کردند و ما به عنوان دانشجویان دانشگاه آزاد اسلامی کرمانشاه از فضای بسته آن زمان این دانشگاه نزد ایشان شکایت می بردیم و...
آنچه که بابایی هم به آن اعتراف دارد فضای بسته سیاسیدانشگاه ها در دوران دولت اصلاحات است که کعبه آمال و آرزوهای بسیاری از سیاسیون استان کرمانشاه همان زمان پنداشته می شود.
ریاست عبدالله جاسبی بر دانشگاه آزاد کشور و روی کارآمدن دولت اصلاحات همه و همه باید نتیجه ای غیر از اظهار نظر بابایی را داشته باشد اما آنچه که در واقعیت اتفاق افتاده است ،بازهم بنا به اظهار بابایی، فضای بسته سیاسی در آن دوران است.
فضای دانشجویی و دانشگاه ها در دوران اصلاحات بیراهه ای را طی کرد که در نهایت غائله کوی دانشگاه و حوادث تلخ آن دوران را رقم زد.
واقعیت آزادی در ابراز مواضع و عقاید در مسیر آزاداندیشی دینی و اسلامی در زمان دولت اصلاحات فرصت تجلی پیدا نکرد و بابایی به عنوان یکی از اصلاح طلبان استان این واقعیت انکار ناپذیر را در سخنان خود اعتراف می کند.